Odstránenie zdraviu škodlivých mikroorganizmov je najdôležitejšia časť v boji s mikroorganizmami. Aby bolo odstránenie účinné, je potrebné použiť najmodernejšie prostriedky. Všeobecne sa používajú protiplesňové prípravky s aktívnym chlórom, aldehydmi, alkoholmi, amóniovými zlúčeninami, organickými kyselinami, či peroxizlúčeninami. Dezinfekčný protiplesňový prípravok sa musí voliť podľa druhu postihnutého materiálu, rozsahu postihnutia a prostredia, z ktorého sú plesne likvidované.

Dezinfekcia však znamená len dočasné odstránenie plesní. Trvalé zlikvidovanie plesní je možné až po zistení primárnej príčiny vzniku plesní, a jej odstránenia. Preto najdôležitejšou ochranou proti vzniku plesní je účinná prevencia, ktorá spočíva v zabezpečení priedušnosti obytných priestorov (zabrániť vzniku tzv. syndrómu igelitového vrecka), zabezpečení dostatočného prúdenia vzduchu (pravidelné aktívne vetranie najmä kuchyne, kúpeľne, pivnice, komory, práčovne ), zabezpečení účinných odsávacích zariadení (najmä v kuchyni a v kúpeľni) či používaní preventívnych protiplesňových prostriedkov.

Najlepším likvidátorom plesní však ostáva čerstvý vzduch a slnko. Optimálna teplota bytu či domu je 19-21°C, v spálni 18°C, optimálna vlhkosť vzduchu, by sa mala pohybovať v rozmedzí 45-55% a nemala by nikdy presiahnuť 60%. Pri likvidácií plesní možno uplatniť rôzne metódy: mechanické – odstraňovanie plesní z povrchu oškrabaním za mokra, aby sa spóry nešírili do vzduchu, fyzikálne – ožarovanie postihnutého povrchu UV žiarením, gama žiarením alebo mikrovlnným žiarením, biologická – aplikácia vhodnej protikultúry na postihnutý povrch; problémom tejto metódy je však nedostatočná možnosť kontroly aplikovanej protikultúry; môže sa narušiť povrch materiálu, pretože protikultúry produkujú aj organické kyseliny, aplikácia chemických prípravkov vo forme náterov, nástrekov a máčania.

Postihnutie dreva plesňami sa prejavuje podobne ako napadnutie stien: rôznofarebnými škvrnami a charakteristickým zatuchnutým zápachom postihnutého povrchu.